借地権でも空き家の3,000万円特別控除は使える？｜相続後に売却する場合の要件を徹底解説
この記事の結論
結論から言えば、「借地権付き建物（土地は地主所有・建物は被相続人所有）」の場合も空き家の3,000万円特別控除（空き家特例）を適用できる可能性があります。ただし「建物のみを売却する」形になるため、売却代金が1億円以下であること・建物が昭和56年5月31日以前の旧耐震基準建物であること等の要件は通常の空き家特例と同様に満たす必要があります。また借地権付き建物の売却には地主の承諾・借地権の譲渡承諾が必要なため、実務上の難しさが加わります。「使える可能性はあるが、条件次第」という理解が正確です。
目次
空き家の3,000万円特別控除とは：基本要件を整理する
空き家の3,000万円特別控除（空き家特例）とは被相続人が居住していた家屋（および敷地）を相続人が相続後に売却した場合に、譲渡所得から最大3,000万円を控除できる制度です（租税特別措置法35条3項）。
📋 空き家特例（3,000万円特別控除）の主な適用要件
| 建物の 建築時期 |
昭和56年5月31日以前に建築された家屋（旧耐震基準の建物）であること。昭和57年以降に建築された建物は原則として対象外 |
|---|---|
| 居住の要件 | 被相続人が相続開始直前まで一人で居住していたこと（老人ホーム等への入所は一定の要件を満たせば認められる場合がある）。二世帯住宅や賃貸併用は要件が複雑になる |
| 売却価格の 上限 |
売却代金が1億円以下であること（複数の相続人が取得した場合は全員の合計額） |
| 売却期限 | 相続開始から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売却すること。例：2022年1月に相続→2025年12月31日まで |
| 建物の状態 | 売却時に建物が耐震リフォームをして耐震基準を満たす状態にするか・取り壊して更地にした上で売却すること（更地売却・耐震改修後売却・引渡し後に買主が取り壊す場合も2024年改正で対象拡大） |
| 空き家の状態 | 相続後から売却まで居住・賃貸・事業用に使用していないこと（空き家状態を維持している必要がある） |
💡 この記事でわかること：
空き家特例の基本要件、借地権の基本と相続での問題点、借地権付き建物への空き家特例の適用可否、借地権付き建物売却の実務（地主の承諾）、使えないケースの落とし穴、借地権の相続税評価、申告に必要な書類まで解説しています。実際の適用可否は必ず税理士に確認してください。
空き家特例の基本要件、借地権の基本と相続での問題点、借地権付き建物への空き家特例の適用可否、借地権付き建物売却の実務（地主の承諾）、使えないケースの落とし穴、借地権の相続税評価、申告に必要な書類まで解説しています。実際の適用可否は必ず税理士に確認してください。
借地権とは：相続における「土地と建物の所有者が異なる」問題
借地権とは他人の土地を借りて建物を建てる権利（借地借家法に基づく）です。相続においては「土地は地主のもの・建物は被相続人のもの」という状況が発生します。
📋 借地権付き建物の相続における基本構造
| 土地の所有者 | 地主（第三者または親族等）。地主は土地を貸す代わりに地代を受け取る権利がある |
|---|---|
| 建物の所有者 （被相続人） |
被相続人が建物を所有しており、土地は借地権（地上権・賃借権）に基づいて使用していた |
| 相続後の 権利関係 |
被相続人が死亡すると建物の所有権と借地権（土地を借りる権利）が相続財産として相続人に引き継がれます。地主への通知は必要ですが地主の承諾は不要（相続による借地権の承継自体は承諾不要） |
| 借地権の 種類 |
・普通借地権：更新可能（存続期間30年以上） ・定期借地権：更新なし・期限到来で終了（存続期間50年以上等） ※ 旧法の借地権（旧借地法）の場合は別のルールが適用 |
⚠️ 借地権付き建物の相続を地主への通知なしに放置すると問題が生じる場合があります。
相続による借地権の承継自体には地主の承諾は不要ですが、地代の支払い義務は相続人に引き継がれます。地代を滞納すると借地契約が解除されるリスクがあるため、相続後は速やかに地主に死亡を連絡して地代の支払い継続を確認してください。
相続による借地権の承継自体には地主の承諾は不要ですが、地代の支払い義務は相続人に引き継がれます。地代を滞納すると借地契約が解除されるリスクがあるため、相続後は速やかに地主に死亡を連絡して地代の支払い継続を確認してください。
借地権付き建物に空き家特例は使えるか：要件の当てはめ
空き家特例（3,000万円特別控除）は「被相続人の居住用財産」の売却に適用されます。借地権付き建物がこの要件を満たすかどうかを確認します。
📋 借地権付き建物への空き家特例の要件当てはめ
| 「家屋と敷地」 の要件 |
空き家特例は「家屋（または家屋と敷地）の売却」に適用されます。借地権付き建物の場合は「建物のみ」または「建物と借地権（土地を借りる権利）」の売却になります。土地の所有権は地主に帰属するため売却対象に含まれませんが、特例の対象から外れるわけではありません |
|---|---|
| 居住要件 | 被相続人が相続開始直前まで借地上の建物に居住していたかどうかを確認します。建物が被相続人の居住用であったことが要件であり、土地の所有形態（自己所有か借地か）は要件に含まれません |
| 建築時期 の要件 |
昭和56年5月31日以前に建築された建物であることが要件です。借地権付き建物でも同様の要件が適用されます |
| 売却価格の 上限 |
売却代金（建物＋借地権の対価）が1億円以下であることが必要です |
| 売却時の 建物状態 |
耐震改修後または更地（建物取壊し後）での売却が原則。借地権付き建物の場合、建物を取り壊して借地権（土地の返還を伴わない形での借地権譲渡）を売却する形になる場合があります |
✅ 国税庁の解釈：借地権付き建物も特例の対象になりえます：
国税庁の取り扱いでは、被相続人居住用財産の「家屋」には借地権上の建物も含まれると解釈されます。ただし具体的な状況によって適用可否が変わるため、必ず税理士に個別の確認を依頼してください。
国税庁の取り扱いでは、被相続人居住用財産の「家屋」には借地権上の建物も含まれると解釈されます。ただし具体的な状況によって適用可否が変わるため、必ず税理士に個別の確認を依頼してください。
❗ 「使える」と判断する前に必ず税理士に確認することが必須です。
借地権付き建物の空き家特例の適用は、建物の状態・借地権の種類・売却の形態・地主との関係等によって要件を満たすかどうかが変わります。自己判断で「使える」と思い込んで申告すると、税務調査で否認されるリスクがあります。
借地権付き建物の空き家特例の適用は、建物の状態・借地権の種類・売却の形態・地主との関係等によって要件を満たすかどうかが変わります。自己判断で「使える」と思い込んで申告すると、税務調査で否認されるリスクがあります。
借地権付き建物の売却の実務：地主の承諾問題
空き家特例の要件を満たす可能性があるとしても、借地権付き建物の売却には地主の承諾（譲渡承諾）が必要であり、これが最大の実務上のハードルになります。
📋 地主の承諾が必要な場面・必要でない場面
| 相続による 借地権の承継 |
地主の承諾は不要（借地借家法に基づき相続は承諾なしで可能）。ただし地主への通知は礼儀として行うことが推奨されます |
|---|---|
| 借地権付き 建物の売却 （第三者へ） |
地主の承諾（譲渡承諾）が原則として必要（借地借家法19条）。地主が承諾しない場合は「裁判所の許可」を得ることで売却が可能になる場合があります（借地法19条の借地非訟手続き） |
| 地主への 承諾料 |
地主が承諾する代わりに承諾料（譲渡承諾料）を請求することが一般的です。金額の相場は借地権価格の10〜15%程度が目安とされていますが、交渉によって変わります |
| 地主が 承諾しない場合 |
地主が正当な理由なく承諾を拒否する場合は裁判所に「借地非訟」（建物譲渡の許可申立て）を申立てて裁判所の許可を得ることで売却できる場合があります。ただし時間・費用がかかります |
💡 「借地権の売却」と「建物だけの売却」は実務上一体で行われます：
借地権付き建物を売却する場合、建物の所有権と借地権（土地を借りる権利）は一体として売却されます。「建物だけ売って借地権は地主に返す」という形は通常の売却とは異なる処理になるため、仲介する不動産会社・弁護士・行政書士に実務的な手続きを相談してください。
借地権付き建物を売却する場合、建物の所有権と借地権（土地を借りる権利）は一体として売却されます。「建物だけ売って借地権は地主に返す」という形は通常の売却とは異なる処理になるため、仲介する不動産会社・弁護士・行政書士に実務的な手続きを相談してください。
空き家特例が「使えない」ケース：注意すべき落とし穴
借地権付き建物であるかどうかにかかわらず、以下のケースでは空き家特例が使えません。確認してから売却に踏み切ることが重要です。
- 昭和57年1月1日以降に建築された建物：旧耐震基準（昭和56年5月31日以前）の建物でないと対象外
- 相続後に賃貸・事業用に使用した場合：相続後に一度でも居住・賃貸・事業に使用すると「空き家状態」の要件を満たせない
- 売却代金が1億円を超える場合：土地・建物の合計売却価格（借地権付き建物の場合は建物＋借地権の価格）が1億円を超えると使えない
- 相続開始から3年を経過する年の12月31日を過ぎた売却：売却期限を過ぎると使えない
- 二世帯住宅で内部で行き来できる場合：被相続人以外の相続人も居住していた場合は要件が複雑になる
- 売却前に建物を耐震改修しなかった・取り壊していない場合（2024年改正後は一部緩和）：引渡し日から翌年2月15日までに買主が取り壊す場合は適用可能（2024年改正）だが確認が必要
- 定期借地権で借地期間が終了しており借地権の価値がない場合
⚠️ 「相続後に少し荷物を置いた・電気を通した」程度なら問題ない場合がほとんどですが、判断が難しいケースもあります。
「使用」の定義は厳格ではありませんが、継続的な居住・賃貸収入の受領・事業活動等は「使用」とみなされる可能性があります。「空き家の維持管理」程度であれば問題ないことが多いですが、判断に迷う場合は税理士に相談してください。
「使用」の定義は厳格ではありませんが、継続的な居住・賃貸収入の受領・事業活動等は「使用」とみなされる可能性があります。「空き家の維持管理」程度であれば問題ないことが多いですが、判断に迷う場合は税理士に相談してください。
借地権付き建物の相続税評価：建物と借地権の評価方法
借地権付き建物を相続した場合、「建物」と「借地権」を別々に評価して相続税の申告に含める必要があります。
📋 借地権付き建物の相続税評価の仕組み
| 建物の評価 | 固定資産税評価額がそのまま相続税評価額になります（財産評価基本通達89条）。固定資産税評価証明書で確認できます |
|---|---|
| 借地権の評価 | 借地権の評価は「自用地としての評価額（路線価）×借地権割合」で計算します（財産評価基本通達27条）。借地権割合は路線価図に「A〜G」の記号で示されており、30〜90%の範囲で設定されています |
| 借地権割合の 確認方法 |
国税庁の「財産評価基準書・路線価図」（https://www.rosenka.nta.go.jp/）で確認できます。地域によって借地権割合が大きく異なります（都市部は高く・地方は低い傾向） |
| 定期借地権の 評価 |
定期借地権は残存期間に応じた評価になります（財産評価基本通達27条の2〜27条の6）。残存期間が短いほど評価額は低くなります |
借地権評価の概算例（参考）：
仮に土地の自用地評価額が5,000万円・借地権割合が70%の場合：
借地権評価額：5,000万円 × 70% ＝ 3,500万円
この3,500万円が相続税の課税対象財産（借地権）として算入されます。
建物の評価額（固定資産税評価額）と合計した金額が申告対象になります。
※ 実際の計算は税理士に依頼してください。
仮に土地の自用地評価額が5,000万円・借地権割合が70%の場合：
借地権評価額：5,000万円 × 70% ＝ 3,500万円
この3,500万円が相続税の課税対象財産（借地権）として算入されます。
建物の評価額（固定資産税評価額）と合計した金額が申告対象になります。
※ 実際の計算は税理士に依頼してください。
地主との交渉：底地買取・借地権売却の選択肢
借地権付き建物の相続後の処分方法として、第三者への売却以外にも選択肢があります。
A
地主から底地を買い取る（借地権を完全所有権化）
地主から土地（底地）を買い取ることで完全な所有権の不動産になります。完全所有権化すると売却しやすくなり・価格も高くなります。ただし底地の買取代金が必要です。地主が売る意思があるかどうかが前提条件です
B
地主に借地権を売却（借地返還）
地主に借地権・建物を売却（または借地権のみ売却して建物は取り壊す）する選択肢です。地主にとっては底地と借地権を合わせて完全所有権にできるメリットがあります。交渉次第では有利な条件で売却できる場合があります
C
借地権・建物を第三者に売却（地主の承諾が必要）
最も一般的な売却方法ですが地主の承諾・承諾料の支払いが必要になります。空き家特例を適用する場合はこのルートになることが多いです。不動産会社・弁護士に相談して交渉を進めてください
D
等価交換（地主と持分を交換して完全所有権化）
地主と「借地権持分と底地持分を交換して双方が完全所有権の一部を取得する」等価交換という方法もあります。双方にとってメリットがあるため合意しやすい場合があります。専門家（不動産コンサルタント・税理士・弁護士）が必要です
✅ 地主との良好な関係が最大の交渉カードです：
長年の借地関係があれば地主との信頼関係があることが多く、話し合いでスムーズに解決できる場合があります。まず地主に相続の報告と今後の方針を率直に話し合うことから始めることをおすすめします。複雑な交渉が必要な場合は弁護士・不動産コンサルタントに間に入ってもらうことも有効です。
長年の借地関係があれば地主との信頼関係があることが多く、話し合いでスムーズに解決できる場合があります。まず地主に相続の報告と今後の方針を率直に話し合うことから始めることをおすすめします。複雑な交渉が必要な場合は弁護士・不動産コンサルタントに間に入ってもらうことも有効です。
申告手続き：空き家特例の適用に必要な書類
空き家特例を適用して確定申告を行う際には特定の書類の添付が必要です。
- 被相続人居住用家屋等確認書：市区町村に申請して取得する書類。被相続人が居住していたこと・相続後に空き家だったことを確認するために必要。市区町村によって申請の窓口・書式が異なる
- 耐震基準適合証明書または建設住宅性能評価書：耐震改修をして売却する場合に必要。発行機関：登録住宅性能評価機関・指定確認検査機関・建築士事務所等
- 取壊し証明書：建物を取り壊して更地（または建物取壊し後の借地権）として売却する場合に必要
- 売買契約書のコピー：売却価格・売却日・対象物件の確認のため
- 登記事項証明書：建物の建築年月日・所有者を確認するため（昭和56年5月31日以前の建築を証明）
- 固定資産税評価証明書・名寄帳等（所有状況の確認のため）
- 相続を証明する書類（戸籍謄本・遺産分割協議書等）
⚠️ 「被相続人居住用家屋等確認書」の取得には時間がかかることがあります。売却前から準備を始めてください。
確認書の申請受付から発行まで数週間〜1か月かかる市区町村があります。売却が決まってから慌てて申請すると確定申告の期限に間に合わない場合があります。売却の意思決定と同時に確認書の申請準備を始めることをおすすめします。
確認書の申請受付から発行まで数週間〜1か月かかる市区町村があります。売却が決まってから慌てて申請すると確定申告の期限に間に合わない場合があります。売却の意思決定と同時に確認書の申請準備を始めることをおすすめします。
よくある疑問（Q&A）
Q. 借地権付き建物を相続しましたが、地主が「借地権の売却には承諾しない」と言っています。空き家特例を使う方法はありますか？
地主が承諾しない場合でも、裁判所への借地非訟申立てによって売却できる場合があります。借地非訟（建物譲渡の許可申立て・借地法19条）は地主の承諾なしに売却の許可を裁判所に求める手続きです。申立てが認められれば裁判所が定める条件（承諾料相当額の支払い等）のもとで第三者への売却が可能になります。ただし手続きに数か月〜1年程度かかることがあります。空き家特例の売却期限（相続から3年を経過する年の12月31日まで）との関係も考慮して弁護士に早めに相談してください。
Q. 借地権付き建物を取り壊して「借地権だけ」を売却した場合も空き家特例は使えますか？
この点は税務上の解釈が複雑で、状況によって判断が分かれる可能性があります。空き家特例は「被相続人居住用家屋（または家屋と敷地等）の譲渡」に適用されます。建物を取り壊した後の「借地権のみの売却」が「家屋の敷地等（借地権）の譲渡」として特例の対象になるかどうかは、具体的な事実関係・税務署の解釈によります。必ず売却前に税理士に確認して、必要に応じて税務署に事前照会をすることをおすすめします。
Q. 空き家特例（3,000万円控除）と相続税の取得費加算（相続財産の取得費への加算）の両方は使えますか？
同じ不動産の売却に対して両方を同時に使うことはできません（選択適用）。「相続財産の取得費への加算（相続税額の一部を取得費に加算できる制度）」と「空き家の3,000万円特別控除」は、どちらも相続不動産の売却に関する節税制度ですが、同一の財産に対して重複適用はできません。どちらを使った方が税額が少なくなるかは、相続税額・売却価格・取得費等によって異なります。税理士にシミュレーションを依頼して有利な方を選択してください。
Q. 父が老人ホームに入居してから亡くなりました。老人ホーム入居中の借地権付き建物でも空き家特例は使えますか？
一定の要件を満たせば老人ホーム等への入居前まで居住していた場合でも空き家特例が使える場合があります。2019年度税制改正で「被相続人が要介護認定等を受けた上で老人ホーム等に入所していた場合」でも一定の要件（入所後に家屋を他の用途に使用していない等）を満たせば特例の対象になる扱いになりました。ただし入所前の居住状況・家屋の管理状態等の確認が必要なため、税理士に詳細を確認してください。
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